存疑不起诉三年后，如果发现了新的证据，并且这些证据符合起诉条件，那么是可以提起起诉的。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》和《人民检察院刑事诉讼规则》的相关规定，存疑不起诉并不意味着案件的最终结束，如果在后续发现新的证据，且这些证据能够证明犯罪嫌疑人的犯罪事实，那么可以再次提起公诉。
需要注意的是，提起起诉需要满足一定的条件，包括原告与案件有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由，以及案件属于人民法院受理的范围和受诉法院的管辖。
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